在面向正极的阴离子膜和面向负极的阳离子膜之间形成浓缩水室，在面向负极的阴离子膜和面向正极的阳离子膜之间形成淡水室，为了便于弱电解质溶液中的离子交换过程，在淡水室中加入离子交换树脂，有时在浓缩水室中加入EDI模块单元架两端的电极，提供横向直流电场，通过离子交换膜驱动水中离子的运动。
为了降低淡水室中的离子浓度，提高浓缩水室中的离子浓度。在首次启动EDI系统之前，RO系统、EDI模块的安装、仪表的校准以及其他系统的检查都应该已经完成。
接下来是推荐的EDI系统启动程序；EDI启动程序在将油管连接到EDI之前，确保所有预处理设备和油管都符合清洁要求。确保所有连接到EDI模块的油管都正确连接，并且油管符合清洁要求。
检查所有相关手动阀门处于正确位置并打开/关闭。进水阀、生产阀、超纯罐进水阀和浓缩水流量控制阀全开。冲洗时，检查所有管路连接和阀门，确保无泄漏。
如有必要，锁定连接。验证从EDI模块到电源模块的接线是否正确。
启动RO生产水泵。根据设计流量和设计压力调整阀门开度。检查设计回收率和实际回收率。
经常检查系统压力，确保系统的工作压力不超过模块的高工作压力极限，在设计流量下，调节阀门，直到生产水压高于浓缩水排放压力。
重复以上步骤，直到系统按照设计产水量和集中水流运行，计算系统回收率，并与设计值进行比较，打开模块电源开关，慢慢将显示板直流电源调节到所需值。
注意出水水质。记录所有运行数据。
测试所有限流开关和相关的联锁动作。确保在浓缩水循环流量不足时EDI电源模块断电。继续循环CEDI，直到达到产水目标。
一旦EDI出水指标达标，打开EDI产水阀（至后级水箱），关闭EDI产水回流阀（至RO水箱），再次确认产水压力高于浓缩水排放压力，将系统运行值与设计值进行比较；系统运行稳定后（水质、流量）将运行数据记录在日常运行数据日志表中。
在自动模式下选择运行模式，在系统运行的第一周，定期检查系统运行情况，确保系统正常可靠运行。
一旦EDI系统已经启动，（事实上，EDI系统或多或少都会不可避免地停止和重启。）每次关机和重启都意味着压力和流量的变化，以及对EDI模块的机械冲击。因此，系统的关机和重启次数应尽可能少，以确保EDI系统的平稳运行。
应将系统启动前和启动过程中的检查作为常规工作进行，并保存工作记录，仪器校准、报警、安全设备和管道泄漏检查也应作为常规工作进行，停机将电流和电压调整到0，关闭EDI模块电源。
关闭反渗透生产水泵。关闭每个EDI模块的进水阀。
