综合用户的需求不同，实验室纯水的名称也很多，根据用户对水的需求，主要有一次水（超纯水）、二次水（EDI水）和三次水（RO水），一次水（超纯水）电阻率12MΩ. cm，TOC<5ppb；二次水（EDI水）电阻率>5MΩ.cm（通常为10-15MΩ.cm），TOC<30ppb；三次水（RO水）电阻率>0.2MΩ.cm，其他无特殊要求。原水（超纯水）的主要应用包括电化学、GC-MS、石墨炉原子吸收分光光度法（GF-AAS）、高效液相色谱法（HPLC）、电感耦合等离子体原子发射光谱法（ICP-AES）、电感耦合等离子体质谱法（ICP-MS）、离子色谱法（IC）、样品稀释和试剂制备、分光光度法、TOC分析、痕量金属检测、水分析、电泳、细菌内毒素、杂交、免疫细胞化学、哺乳动物细胞培养、分子生物学、单克隆抗体、聚合酶链反应（PCR）、植物组织细胞培养。
二次水（EDI水）应用主要包括缓冲液和培养基制备、电化学、环境试验室和植物生长室、超纯水系统进水、火焰原子吸收光谱法（F-AAS）、普通化学、玻璃器皿清洗、定性分析、样品稀释和试剂制备、蒸汽发生器、细菌培养、临床化学、电生理学、酶联免疫吸附试验（ELISA）、内窥镜、组织学、水培、微生物分析、放射免疫测定。二次水（RO水）应用主要包括蒸馏器进水、超纯水系统进水、内窥镜、模型动物饲养。二次水（EDI水）和三次水（RO水）不需要过多的进水，而一次水（超纯水）需要立即使用。
因为超纯水也被称为“饥饿水”，水质越干净，水的溶解度就越强，所以取出的水暴露在空气中，空气中的污染物会很快溶解到水中。暴露时间越长，溶解越多，会影响精密实验的结果。因此，超纯水不能储存和后期使用。此外，超纯水在抽水过程中尽量不要产生气泡，尽量靠近产水口溶解，因为气体中有很多杂质，气泡太多会影响一些光学实验。
超纯水的管道一般是循环的，一般是2h和5min。因此，在使用水之前，需要循环或排出初始水，然后使用水，以更好地保证后续实验的准确性。在分析实验试剂的制备时，刚刚取出的超纯水可能会储存在收集容器中，必须特别注意收集容器的选择。有机分析（HPLC等）需要硼硅酸盐玻璃瓶，在有机分析中没有溶解的风险，以确保有机分析的准确性。
无机分析通常推荐使用聚乙烯或聚丙烯容器，其离子溶解比玻璃材料少，以保证离子检测的准确性，对于ICP-MS分析，氟聚合物（如polytetrafluoroethylenePFA）是首选。此外，应使用瓶盖密封瓶口，以减少瓶内超纯水与室内空气、颗粒和细菌的直接接触。
